Ende des 15. Jahrhunderts änderte sich die Situation einschneidend. Ausgelöst durch eine 1481 begonnene Kontroverse zwischen dem Bischof Barteld von Hildesheim und den Bürgern der Stadt Hildesheim um eine Steuer auf selbst gebrautes Bier, eskalierte der Streit im Laufe der Zeit und bezog schließlich auch andere Städte, wie Hannover ein. 1485 schwoll der Konflikt zu einem "Kampf der Macht" an, bei dem es um die Einflussnahme von Adel und Geistlichkeit gegenüber den rechtlich freien Bürgerschaften der Städte ging. 1486 zog Herzog Heinrich der Ältere von Braunschweig-Wolfenbüttel, Fürst von Braunschweig und Lüneburg unterstützt von seinem Schwager Herzog Bogislaw VII aus Pommern, zusammen mit den Truppen des Bischofs von Hildesheim gegen Hannover. Am Döhrener Turm kam es zu heftigen Kampfhandlungen, bei denen mehrere Turmwärter getötet wurden und der Turm durch Brand schwer beschädigt wurde. Die Eroberung der Stadt Hannover gelang jedoch nicht. In den erhaltenen Kassenberichten ist zu lesen, dass Hannover für die Beerdigung der getöteten Soldaten einen Zuschuss zahlte und die überlebenden Kämpfer mit Speck, Bier und Brot belohnte. Die Verteidigung durch die Wächter des Döhrener Turms ist Grundlage der Stadtsage über "Hannovers Spartaner" (s. a. Anmerkung).
Wenige Monate später griff Herzog Heinrich Hannover erneut an, das sich rechtzeitig vorgewarnt erfolgreich zur Wehr setzen konnte. Am 18. Dezember 1486 schlossen Braunschweig und Hannover Frieden.
Noch 1486 wurden erste Reparaturarbeiten am Turm durchgeführt. Zur besseren Abwehr erneuter Angriffe wurde der Turm 1488 grundlegend erneuert und dürfte die im 19. Jahrhundert vielfach dokumentierte Gestalt als ein dreigeschossiger, mit einem Spitzdach versehener Backsteinturm erhalten haben. Das Lohnregister aus dem Jahr 1488 sowie die Inschrift auf der Außenseite in halber Turmhöhe "mccclxxxvii" bezeugen den Wiederaufbau.
Der Groll Herzogs Heinrichs gegen Hannover blieb jedoch bestehen. Ende November 1490 zog er mit 3000 Infanteristen und 800 berittenen Soldaten abermals gegen die ihm verhasste Stadt. Am Abend des 23. November eroberten und besetzten sie den Döhrener Turm scheinbar ohne größeren Kampf. In den Aufzeichnungen gibt es keine Hinweise auf Verletzte oder Gefallene. Die Strategie Heinrichs, am Morgen des 24. November 1490 unmittelbar nach Öffnung der Stadttore getarnt in die Stadt zu drängen, scheiterte allerdings wiederum. Durch die Wachsamkeit und die Courage des hannoverschen Bürgers Cord Borgentrick wurden die Stadttore an diesem Tag nicht wie gewohnt morgens geöffnet. Eine zusätzliche Falschmeldung ließ Heinrich in das Geschützfeuer der hannoverschen Verteidigung geraten. Heinrichs Truppen verwüsteten daraufhin die vor der Stadt gelagerten Ländereien, zerstörten einen Teil der Landwehr und versuchten sieben Wochen lang Hannover auszuhungern. Die Hannoveraner ergaben sich jedoch nicht, so dass die Braunschweiger Truppen im Januar 1491 endgültig abrückten. Im Juli des gleichen Jahres verpflichteten sich die Braunschweiger in einem weiteren Friedensvertrag aller Ungnade, allem Unwillen und Gram gegen Hannover zu entsagen. Zum Gedenken an die Errettung Hannovers vor dem Braunschweiger erhoben Rat und Bürgerschaft von Hannover den 24. November zum Feiertag. (s. a. Anmerkung) Die nächsten hundert Jahre gibt es den Quellen nach keine besonderen Geschehnisse am Turm. Die militärischen Aufgaben der Wächter schwinden im Zuge der allgemeinen Entwicklung.